News

News
 
TKI grant for Yeast group and BioAware by Webmaster News 2018-06-18 11:40:01
 

TKI grant for Yeast group and BioAware

The Yeasts

Three thick volumes he holds up: ‘These contain all yeasts we knew of in 2011. Two kilograms of paper.’
Teun Boekhout of the Yeast Research Group may be a yeast expert, he doesn’t have a clue about weight; the three volumes together exceed the 6 kgs.
‘The moment they were published, they were outdated. Publications like this depend on the slowest contributor, which means the first articles are already old when the volumes become available in print’.

Foundation The Yeasts

This fact and the increasing incidence of mortality associated with invasive fungal infections like sepsis led to an idea: an online open acces platform about yeasts which will contribute to early diagnosis of diseases caused by pathogenic yeasts.
‘Six weeks ago we set up the “Foundation The Yeasts” and a bank account’, says Boekhout. Yet the idea for an online platform stems from a discussion between yeast investigators that went on for more than five years.
‘An online platform can be easily updated by a community of experts all the time.’

Weak link

‘The critically weak link in the effective treatment of infections is a lack of rapid diagnosis that enables early and effective treatment’ says the grant application.
There is still a lot to be done in the yeast world, since some yeasts have two names and many new species are being discovered, sometimes from clinical materials. Other species that have been described not too long ago, turned out to be rapidly emerging such as Candida auris.
Modern techniques make the description and identification of yeasts easier and more accurate, that is why the initiative makes use of MALDI-TOF MS spectra, DNA-barcodes and resistance genes to cover the clinically most important and emerging yeasts.

Wiki-yeast

‘The idea is to create a controlled wikipedia-like database about yeast diversity. If a medical doctor somewhere in India isolates a strange yeast from the blood of a patient, he or she will be able to identify it (unless it is new) and also finds information needed to fight it.’
Also yeasts connected, positive or negative, to the food industry and biotechnology will be included.

TKI

The TKI (Top consortia for Knowledge and Innovation) grant, meant to stimulate public-private collaboration, allows the Foundation to hire a consultant to make a start with the database. Teun Boekhout of Westerdijk Fungal Diversity Institute and Vincent Robert of BioAware (responsible for IT infrastructure) together with four yeast experts, some from other international organisations, will edit the online platform.

Teun Boekhout is a bit of an idealist: he endorses the idea of open acces, in order for people all over the world to be able to identify yeast isolates and have acces to information about clinical importance, fermentations, etc. ‘all to make the world a tiny bit better..’ and the TKI grant will contribute to this.

 

TKI beurs voor Gist groep en BioAware

‘De Gisten’

Drie dikke boeken houdt hij omhoog: ‘Deze bevatten alle gisten die in 2011 bekend waren. Twee kilo papier.’
Teun Boekhout van de Gist Research Groep mag een gist expert zijn, van gewichten (of zijn eigen kracht) heeft hij klaarblijkelijk geen verstand; de boeken wegen samen meer dan zes kilo.
‘Op het moment dat ze verschenen, waren ze al achterhaald. Dit soort publicaties hangen af van de traagste auteur. Dat betekent dat de eerste artikelen al verouderd zijn als de delen in druk verschijnen.’

Stichting De Gisten

Dit feit en de toegenomen mortaliteit door invasieve schimmelinfecties als bloedvergiftiging leidde tot een idee: een online open platform over gisten, dat kan helpen bij een vroege diagnose van ziekten veroorzaakt door pathogene gisten.
‘Zes weken geleden hebben we de “Stichting De Gisten” opgericht en een bankrekening geopend’, zegt Boekhout. Maar het idee voor een online platform is veel ouder, het komt voort uit gesprekken tussen gist onderzoekers over een periode van meer dan vijf jaar.
‘Een online platform is door een groep experts op een makkelijke manier steeds opwaardeerbaar’.

Zwakke schakel

‘De zwakste schakel in de effectieve behandeling van infecties is het gebrek aan snelheid bij het stellen van de diagnose’ stelt de groep in de subsidie aanvraag.
Er is nog een hoop te doen in de wereld van de gisten; sommige gisten hebben twee namen en er is nog een wereld aan gisten te ontdekken, uit klinisch materiaal bijvoorbeeld. Andere soorten die recent ontdekt zijn, blijken plotseling op grote schaal op te duiken, zoals de schadelijke Candida auris. 
Moderne technieken maken de beschrijving en identificatie van gisten makkelijker en nauwkeuriger, daarom maakt de nieuwe stichting gebruik van MALDI-TOF MS spectra, DNA barcodes en resistentie-genen. Zo worden de klinisch meest belangrijke gisten vastgelegd en openbaar gemaakt.

Gisten-wikipedia

‘De stichting heeft tot doel een soort gisten-wikipedia te maken, geredigeerd door experts. Zo kan een arts in India die uit het bloed van een patient een vreemde gist isoleert (behalve als die nieuw is), die gist snel identificeren en op het platform ook informatie vinden om hem te bestrijden.’
Ook gisten die voor de voedsel industrie en biotechnologie belangrijk zijn, positief of negatief, komen op het platform te staan.

TKI

De TKI beurs (Topconsortia voor Kennis en Innovatie), bedoeld om publiek-private samenwerking te stimuleren, stelt de stichting in staat om een expert in te huren om een begin te maken met het platform. Teun Boekhout van het Westerdijk Fungal Biodiversity Institute en Vincent Robert van BioAware (hij is verantwoordelijk voor de IT infrastructuur) zullen samen met vier andere gist-experts van andere internationale organisaties het online platform actueel houden.

Teun Boekhout is een beetje een idealist: hij juicht het idee van een open platform toe, op die manier kunnen mensen over de hele wereld gist isolaten identificeren en hebben ze toegang tot belangrijke achterliggende informatie; zijn ze pathogeen, wat kunnen ze fermenteren, enz. ‘met als groter doel toch om de wereld een stukje beter te maken..’ en de TKI beurs helpt daarbij.